Это мир далекого будущего. Мир, в котором человечество рассеяно среди звезд. В этом мире люди могут делать свои тела механическими. Механизация дает прочность, силу, долговечность - практически бессмертие, но неизбежно отнимает чувства. Механоид теряет ту неуловимую малость, которая и делает человека человеком.
       Пилоты и капитаны звездолетов носят форму, очень напоминающую морскую, и своими кораблями управляют, стоя на мостике у штурвала. На звездных трассах орудуют пираты - но среди них выделяются два корабля. Это "Аркадия" и "Королева Эмеральдас", созданные и усовершенствованные гением невзрачного с виду Тотиро. Их капитаны, Харлок и Эмеральдас, никому более не позволяют поднимать флаг с черепом и костями. Они появляются из ниоткуда и исчезают в никуда, молчаливый темноволосый капитан Харлок со шрамом на лице, в сопровождении своей мятежной команды, и прекрасная и загадочная рыжая Эмеральдас с гравишпагой под синим плащом.
       Они - изгнанники, принцесса планеты Ла Металл и бывший капитан военного флота Земли Харлок. Они плывут по бесконечному Морю Звезд, подданные только своего флага, верные только свободе.
       И еще - по точному, веками не меняющемуся расписанию между планетами и звездами пролетает Галактический Экспресс 999, который выглядит как поезд начала 20 века. В этом поезде от станции к станции, до самого конца маршрута, едет печальная женщина с золотыми волосами по имени Мэтель, в темно-синих траурных одеждах. Никто не знает точно, где конечная станция экспресса 999 - и что ждет доехавшего туда. Это предстоит узнать Хосино Тэцуро, мальчику, который хочет стать механоидом, чтобы отомстить механоиду графу Мехе за смерть матери.
       В истории Харлока Земля захвачена могущественной Иллюмидианской империей, покорившей и уничтожившей немало планет. В истории Мэтель и Тэцуро люди покорены механоидами. Одна ли это Вселенная - неизвестно. Единая история разворачивается перед нами, или много разных - неизвестно. Важно лишь то, что дух сопротивления жив. В этой бесконечной войне нет и не будет победы с салютом и праздником, единственная зримая победа - это победа человеческого духа, победа человечности.